在朱允炆、明太祖朱元璋、明朝皇帝文健统治时期，首都是应天府，当时没有干清宫。在朱迪统治的早期，首都仍在应天府。永乐十九年（公元1421年），北京紫禁城建成，明成祖迁居紫禁城。干青宫是紫禁城内皇宫的主要宫殿，因此自永乐十九年以来一直在明朝。干青宫是故宫的主殿，是明清两代十六位皇帝的寝宫。明朝的十四位皇帝和清朝的顺治、康熙两位皇帝都曾将干青宫作为寝宫。他们住在这里，平时处理日常事务。清代顺治、康熙时期，干青宫与政务有着密切的联系。皇帝在这里学习，审查奏折，召见官员，会见外国使节，并举行皇宫仪式和家园。
