山南是古代藏族文明的发源地之一。据说猴子和流氓的结合产生了藏族的土地，这里有着悠久的历史和灿烂的文化。大约4万至5万年前，雅砻江地区就有藏族先民。先民生活在鸟兽成群、果树丛生的雅砻江流域，以树叶为衣、野果为食群居生活。时间长了，我逐渐学会了制作弓箭、石器等工具，并学会了饲养牦牛等动物和种植青稞等农作物。索当，即今天泽当镇附近萨日村的一块土地，是传说中的西藏第一农田。
1959年4月6日，山南军事管制委员会成立，对山南实行军事管制，领导山南的平叛改革，并宣布解散山南奇桥办事处和各级政府。5月，经中共西藏工作委员会批准，山南地区划分为12个县、62个区、293个乡。12月22日，山南专员办挂牌成立。
2016年2月，国务院批准撤销山南地区和乃东县，设立地级山南市；山南市设立乃东区，以乃东县的行政区域为乃东区的行政区域。
